USB CANGGIH UNTUK DNA SEQUENCING

(Gambar: Oxford Nanopore Technologies)

Ini baru namanya USB canggih. Kalau USB pada umumnya digunakan untuk menyimpan data, musik, gambar, dll., yang ini digunakan untuk DNA sequencing! Sekilas mungkin terlihat seperti USB biasa, tetapi gadget kecil ini bisa digunakan untuk men-sekuens DNA ketika dipasangkan pada laptop Anda.

Pada 17 Februari 2012 lalu, Oxford Nanopore United Kingdom resmi meluncurkan gadget canggih tersebut, yang disebut MinION. MinION merupakan perangkat DNA sequencing sekali pakai yang berbentuk USB, praktis, dan harga lebih murah.

Teknologi Nanopore

        Dalam proses DNA sequencing, MinION menggunakan teknologi nanopore. Nanopore adalah molekul organik yang memiliki lubang yang sangat kecil pada bagian tengahnya, sekitar satu nanometer. Molekul tersebut dipasangkan pada sebuah membran di dalam cairan yang berisi ion-ion. Sampel DNA yang diinginkan pun dimasukkan ke cairan tersebut. Ketika membran tersebut terkena listrik, ion-ion mulai bergerak dan mendorong partikel ke pori-pori.
        Ketika suatu molekul masuk ke dalam pori-pori, aliran akan terhambat dengan cara yang berbeda-beda pada masing-masing molekul. Hal tersebut menyebabkan molekul-molekul dapat terdeteksi dan teridentifikasi. Sistem pada MinION dapat mengenal 4 asam amino berbeda yang mengkode gen, yaitu adenin, sitosin, guanin, dan timin, serta 64 kombinasi yang berbeda. Klik untuk melihat video!

Kemampuan MinION

        MinION dapat digunakan untuk membaca genome dari lambda bacteriophage, yang memiliki sekitar 48.500 pasang basa. MinION dapat men-sekuens genome sederhana, seperti genome beberapa virus dan bakteri dalam hitungan detik! Namun, untuk genome yang lebih kompleks, butuh waktu yang lebih lama. MinION juga dapat digunakan untuk mendapatkan hasil sekuen DNA secara cepat dari sel-sel pada biopsi, misalnya untuk mencari kanker atau menentukan gen dari patahan tulang fosil.

Waktu operasional MinION hanya 6 jam, tetapi selama waktu tersebut, MinION dapat membaca lebih dari 150 juta pasang basa. Tentu saja jumlah tersebut masih lebih sedikit dari jumlah pasang basa pada kromosom manusia (sekitar 250 juta pasang basa). Oxford Nanopore juga menciptakan GridION.  Sebuah 20-node GridION dapat men-sekuen genome manusia secara lengkap hanya dalam waktu 15 menit!

Wah, tentu saja ini merupakan kabar gembira di dunia medis dan riset. Anda bisa mendeteksi adanya kanker dalam sel Anda dalam hitungan detik. MinION dijual cukup murah dari pada alat-alat DNA sequencing lainnya.  Dengan $500 atau sekitar Rp. 4.709.000,00 Anda dapat mengantongi gadget canggih tersebut. Tertarik membeli?



Sumber:
http://www.newscientist.com/article/dn21495-usb-stick-can-sequence-dna-in-seconds.html
http://www.nanoporetech.com/news/press-releases/view/39
http://www.wired.co.uk/news/archive/2012-02/20/minion-dna-sequencer